兵部侍郎廖平建议，随从不必多，更不可多，挑选没有家室之累又有膂力五人足够，其余遥为应援。当场决定杨应能、叶希贤称为比丘，程济称为道人，这三人左右不离建文帝;其余六人往来道路，运送衣食。第一站来到吴江县的史彬家中。八月十六日，建文帝与两位比丘、一位道人同行，其余人等星散。十月，来到襄阳的廖平家。获悉跟踪者也已到此，大家商议后便决定前往云南。

明成祖派遣户科都给事中胡濙前往西南地区，打着探寻道教宗师张三丰(即张邋遢)的幌子，其实是为了侦查建文帝的下落。消息传来，建文帝决定遁迹深山。

永乐八年三月，工部尚书严震以出使安南(即今越南)的名义，至云南秘密探访建文帝的踪迹。某一天，严震偶然在云南道中遇到建文帝，两人相对而泣。建文帝问他：你准备怎么处置我?严震回答：皇上请便，臣自有办法。夜间，严震自缢于驿站。建文帝见踪迹暴露，再次躲进白龙山。

长期的野外生活，使得他身心疲惫，颜色憔悴，面容枯槁。到了夏天，又患上痢疾，但因害怕被发现，不敢出山觅食、求医，狼狈到了极点。这时史彬等三人赶来，境况顿时改善。几天后，三人离别，抱头痛哭一场。建文帝交代，今后不必再来，一则道路艰险，二则关津盘查严密。

永乐十年三四月间，一直随从建文帝的杨应能、叶希贤相继病逝，建文帝收了一名弟子，赐名“应慧”。永乐十四年六月，建文帝足疾发作，程济进城觅药，才得痊愈。这使建文帝感到危机时时迫近，便口述流亡的经过，由程济笔录，写成《从亡传》，建文帝亲笔写了序言，命程济藏于山岩中。此后几年，建文帝奔走于云南、贵州、四川之间。永乐十八年十月，在程济的陪同下，建文帝登上了峨嵋山，赋诗一首，其中两句为：“登高不待东翘首，但见云从故国飞。”流露了他此时此地思念故国的复杂心情。