有关玛雅文明消亡的假设层出不穷，却没有一种假设能有充足的证据让人心服口服。
甚至有人说，有关古玛雅人的上述消失之谜都是现代人类猜测的，因为只是猜测，所以没有证据。有人干脆断定，古玛雅人的消失是太空移民，而部分人放弃城市回归原始，是改造新原生态星球的需要，或者是因长途旅行非常艰苦而留下的人群。由于太空移民的距离遥远，对人员数目和素质也有要求，所以不得不留下一少部分人。
认为玛雅人就是外星人的证据是：玛雅人的生活环境明显不同于其他文明，他们没有居住在拥有肥沃河川的地方;文明时代的玛雅人拒绝和当时尚原始的地球人接触，虽然建造了颇具文化水准的都市，但仍采取封闭政策;
玛雅人的科技水平明显高于其他文明，为了建造石造都市群，他们使用了当时人类还未掌握的种种工艺技术;玛雅人的信仰历法都与其他文明不一致等。而这些，都是考古史上的谜团。
