在军事组织上：崇祯八年(1635年，天聪九年），皇太极将蒙古军队扩充成为八旗；崇祯四年(1631年，天聪五年）组织了汉军，崇祯十五年(1642年，崇德七年）也扩充为八旗。

皇太极继续执行了努尔哈赤的联合、笼络蒙古诸部的政策，跟他们各部的头目歃血誓盟，对他们封官赏赐、联姻结亲。崇祯元年(1628年，天聪二年），还曾把自己抚养的、贝勒岳托的女儿，嫁给了蒙古科尔沁台吉满朱习礼。因而每有大的战斗，蒙古科尔沁部都派兵前来参加。

天启六年到崇祯九年(1626到1636年，天命十一年到崇德元年）间，皇太极进一步统一了黑龙江下游（包括乌苏里江以东直至日本海）地区；崇祯九年到十五年(1636到1642年，崇德元年到崇德七年）间，他更统一了黑龙江中、上游（直至贝加尔湖）地区。

对于新附之人，一部分留住盛京（沈阳）给以“牛录章京”的官衔，一部分（如都勒古尔、达大密、阿济布等）则封回原地。

崇祯七年(1634年，天聪八年），世居精奇里江多科屯的达斡尔族首领巴尔达奇来附，还被招为额驸（驸马），妻以宗室之女。

崇祯九年(1636)夏，清军在鄂嫩河以西地区，招抚了使鹿部头人，赏了十七套官服。

崇祯十二年(1639年，崇德三年）到崇祯十三年(1640年，崇德五年）间，皇太极指挥满、蒙八旗兵，平定了黑龙江中游之北的叛乱，并在赤塔河谷追俘了叛军头目博木博果尔。黑龙江下游各族，被编为了民户；中、上游各族，被“审户比丁、列于军伍”，并“设佐领、骁骑校等分驻”。

皇太极的这些活动，巩固了后方，团结了内部，为全力对付明朝提供了条件，保证了兵源。但他饱尝了明军大炮的苦头，因此，崇祯四年(1631年，天聪五年）也铸造了红夷大炮，名曰“天祐助威将军”。