清政府重金打造的武卫军，五军之首虽为荣禄，但他能调动的只有武卫中军一部。武卫后军的甘军，就是其首领董福祥的私家军队。在董福祥的领导下，甘军军纪恶劣，虽然甘军在保卫北京的战斗中作战英勇，但在八国联军入京后，甘军的余部抢先在北京城大肆抢劫，扬长而去。

京津防线上，总督裕禄无法有效的指挥部队，以至于首尾不应，乱成一团。最后，裕禄饮弹自杀；领导京畿防线的李秉衡，有志于敌军血战一场，但是还没交手，手下的将领张春发、万本华、陈泽霖就带着自己的队伍跑了。手下无可用之人，李秉衡只得吞金而死。

这些情况，都与清军的军事体制有关系，自镇压太平天国后，清政府权威大大削弱，只得依赖地方部队维持局面。各个封疆大吏都拥兵自重，使得中国军队逐渐成为将领们的私有财产，而不是国家的国防力量。即使是朝廷自己组建的军队，也因为中央没有德高望重的军事将领，导致军队领导权无法统一。

国难当头之时，临时调集的军队都会面临群龙无首的局面。在面对强敌入侵时，要么各自为战，要么争先跑路。整个庚子之役，看不到一位统领所有清军和义和团的司令长官，大家都是各打各的，毫无章法。

对比之下，八国联军推举出来的每一个司令官，都有一定的个人权威，足以统御全局。联军从天津到北京，都有着统一协调的步伐，不存在严重的内讧。

其二，政府无备而战、大意轻敌。由于慈禧轻信义和团的力量，导致清政府在备战上疏忽大意。正如上述天津城西西沽军械库，这些武器本来可以装备四万人左右的军队，但直到八国联军占领了大沽口炮台，这些武器还在军械库里睡大觉。

由于没有提前做好备战准备，清军除了武卫军，其他的部队都拿着落后的武器。根据《庚子事变清宫档案汇编（一）》统计，当时，北京内城七门的八旗守军，武器大都为抬枪、洋枪、后膛洋枪、神威炮。除了后膛洋枪外，其它装备大都是旧式武器，基本应该淘汰。例如使用黑火药的前膛枪，射程短、发射速度慢、枪管发热还容易炸膛。后膛洋枪则进步很多，但装备数量却很少。