12月2日，故宫博物院理事长李煜瀛致电国民政府主席蒋介石，称清史馆所存书籍多为史料，故宫正在整理编辑，恳请收回成命。4日，国民党中央委员张继也致电国民政府文官长古应芬，表达了同样的意见。6日，古应芬复电，称蒋介石表示“国务会议决议之案，碍难变更”。
11日，故宫博物院院长易培基致电古应芬，提出为避免《清史长编》“前功尽弃，可否先将清史稿百部及重复书籍送京”。但国民政府不予采纳，要求仍照原决议办理。
为了挽回局面，16日，易培基呈报行政院院长谭延闿，称“窃查《清史稿》一书……其体例文字之错谬百出，尤属指不胜屈。此书若任其发行，实为民国之奇耻大辱”。列举《清史稿》内容“反革命”“藐视先烈”“不奉民国正朔”“例书伪谥”“称扬诸遗老鼓励复辟”“反对汉族”“为满清讳”“体例不合”“体例不一致”“人名先后不一致”“一人两传”“目录与书不合”“纪表志传互相不合”“有日无月”“人名错误”“事迹之年月不详载”“泥古不化”“浅陋”“忽略”等，共19项罪名。这些罪名的分类归纳及排序有些混乱，可见起草之时因情况紧急未及详审，仅是堆砌罗列了存在的问题。呈文建议将“《清史稿》一书永远封存，禁其发行”，待故宫《清代通鉴长编》(即为前文所述的《清史长编》)编成，“再行呈请国民政府就其稿本，再开史馆，重修清史”。20日，行政院会议决议：“《清史稿》永禁发行，长编准其完成，重复书籍先行运京，具呈报告蒋主席请示。”
1930年年初，300余部《清史稿》运抵南京，国民政府将其分发给有关部门、各国立省立图书馆及部分高级官员阅读参考。2月19日，国民政府训令行政院，要求《清史稿》“所有从前已经发行者，应一律严禁出售”。
1934年年底，因为编纂《清史长编》的计划已经停顿，行政院呈请国民政府核发《清史稿》，由该院负责纠正。一年后，参议员吴宗慈起草的《检校〈清史稿〉报告》完成，教育部将该报告送往中央研究院历史语言研究所征求意见。该所所长傅斯年指出：“重修清史，此自是国家应作之事。然此时国家力量恐不能顾及。且十年来史料之大批发现，史学之长足进步，皆使重修一事，更感困难。非以长久之时期，大量之消费，适当之人选，恐不能济事耳。”这却道破了当时条件下政府无力修史的困境。
