伊犁将军设置之初乃是为了对付西北厄鲁特蒙古，因而在甘肃、喀尔喀蒙古等地驻扎重兵，叛乱平定后，乾隆皇帝决定在此地派驻大臣将军，控制这一战略要地。因所辖地区的特殊性，作为天山南北最高的军事行政长官，伊犁将军不只具有“统辖天山南北各新疆地方驻防官兵调遣事务”的权力，而且兼管当地行政事务，并统辖归附清朝的中亚地区及哈萨克各部，因而伊利将军基本上由满洲亲贵或蒙古重臣出任。与其他地区的将军相比，伊犁将军军事权力要大得多，因此清代的将军中只有伊犁将军前面冠以“总统”二字。
首任乌里雅苏台将军策凌
首任乌里雅苏台将军策凌
乌里雅苏台将军是清代外蒙古、唐努乌梁海与科布多等地的最高军政长官，与其他八旗驻防将军不同，其主要负责统辖喀尔喀四部兵马等地方武装力量，以维持地方安定。乌里雅苏台将军最初的名称叫定边左副将军，而且一开始它只是一临时官制，地位不高。后来在首任将军策凌的治理下，地位愈为重要，其职掌主要为军事方面和对盟旗事务的监管。
清代的地方军事体制，分别设有八旗驻防军和各省绿营。这是两个独立的系统，八旗驻防就好比是现在的各大军区，而绿营官兵更类似武警和警察系统。他们在平时互不干涉，有独立的行政系统进行管理。
