新中国成立后，潘汉年留在了他熟悉的上海工作，先后担任中共上海市委第三书记、第一副市长等职。到了1955年，厄运降临到潘汉年头上。

1955年4月初，潘汉年在全国性的党代表会议期间，以他对党的坦诚，主动向党组织交代了他在抗战期间的一次经历：一次去敌占区工作时，被人挟持到南京，会见了汪精卫。没想到的是，潘汉年的坦诚，成了他被打成“内奸”的导火线。

本来是在特殊斗争环境中发生的一件历史陈案，又是潘汉年自己主动交代的，按党的原则不应成为“问题”。但是，在那种特殊的年代，特殊的背景下，潘汉年作为长期在复杂的隐蔽战线工作的高级干部，被放到了党内肃反工作中去考查。很快被怀疑为“内奸”遭到逮捕。

当年7月，就在全国人大常委会宣布潘汉年因为已经发现“有进行反革命活动的证据”而被逮捕审判后，有的不明真相的代表在全国人大一届二次会议期间提出：要求大会建议政府对“反党反人民”的潘汉年等人“予以严厉惩处”。不明真相的“人民代表”，居然将昔日的人民功臣当成了“隐藏在人民内部的反革命分子”。

到了“文化大革命”中，潘汉年更是身心备受折磨。1970年潘汉年被改判无期徒刑，“永远开除出党”。1975年3月，潘汉年被下放湖南耒阳沫江农场安置，作为“特殊犯人”接受管制。两年以后，潘汉年背着“反革命”、“内奸”的沉重历史包袱，在湖南长沙凄然病逝。

“我再不说话，没有人知道了。”

陈云对潘汉年的所谓历史问题，始终是有怀疑的。历史进入拨乱反正的年代，作为新成立的中央纪律检查委员会第一书记，陈云终于有了为潘汉年鸣冤的机会。

中纪委成立后，陈云多次表示过：潘汉年秘密会见汪精卫的所谓“内奸嫌疑”是不存在的。如果他真心投敌，就不能解释刘晓领导下的上海地下党组织为什么能在整个抗日战争时期和解放战争时期完整地保持下来。上海“二六轰炸”更不可能是潘汉年利用国民党的秘密潜伏电台提供的情况，因为国民党在上海统治多年，杨树浦发电厂这样的目标早就是清清楚楚，用不着潘汉年提供情报。至于讲到1936年的国共谈判，陈云更是知情人，他说过：当时中央驻共产国际代表团的代表和主管同国民党接触的有三个人：王明、康生和我，如今只剩我一个了。我再不说话，没有人知道了。

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