按照中央的指示，中纪委在陈云的亲自领导下，迅速组织对潘汉年案件进行复查。几十年的沉冤，查起来困难重重。中纪委的工作需要排除种种干扰，做出多方努力。这点陈云早就预料到了。他在给邓小平等人写信之前，曾在2月对中纪委第三次全会讲过三点意见：第一，纪委工作是要做的。第二，纪委工作是有困难的。第三，我们做了工作以后，如果有人指手画脚，或者有些什么意见，对纪委有些什么批评的话，可以不计较它。我们做得对，他指责得不对的，可以不管它；如果他们的意见是对的，我们应该考虑。

“我相信他必将恢复名誉。”

就在潘汉年案复查过程中，中共中央党史资料征集委员会于1981年11月8日在北京召开了“中央特科”党史专题座谈会，邀请曾参加过“中央特科”工作且尚在的老干部以及有关部门的负责人，就当时“中央特科”的工作进行座谈。

讲到特科历史上那些知名的或不知名的人物，陈云提到了潘汉年：“特科出过若干个有名的或者党内大多数人不知名的有功绩的同志，也出过一个大叛徒顾顺章。1931年顾顺章叛变后，我是特科主任。1932年我去搞工会工作，康生接任。康生走后是潘汉年负责……”

在提到潘汉年案件时，陈云不容置疑地说：“潘汉年的案件，中央纪律检查委员会正在为他平反。我相信他必将恢复名誉。”

有陈云这句话，有中纪委出面复查，大家放心了。因为能否正确处理潘汉年问题，不仅关乎潘汉年本人，而且关乎整个隐蔽战线一大批忠诚的共产党员的历史功绩。

历史进入1982年夏秋之际，中共第十二次全国人民代表大会即将召开，潘汉年的案子也终于水落石出。经过中纪委艰苦细致的复查，确凿的证据表明：“在长期革命斗争中，他忠实执行并多次出色地完成党交给的任务，对党的文化工作、统一战线工作，特别是在开展对敌隐蔽斗争方面，曾经做出了重要贡献，是有很大功劳的。”“潘汉年同志是一贯忠实于革命的好同志，绝不是‘长期暗藏在中国共产党和政府机关内部的内奸分子’。”中纪委提出：原来认定潘汉年是“内奸”的结论都不能成立，应予否定。

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