皇太极戎马一生，却因痘疫东躲西藏，难免有损威望，所以顺治就把父皇的“避痘所”改名成“长宁寺”，以绝后世非议，据《盛京景物辑要》：“御花园，国初建，顺治十三年改为长宁寺。”

不过顺治本人对痘疫更是谨小慎微，《清世祖实录》便记载了他身边多位亲王贝勒的境遇，例如“辅政德豫亲王多铎出痘薨”“英亲王阿济格两福晋俱出痘薨”以及“和硕敬谨亲王尼思哈薨，年十岁”等，可见疫情之严重。

权贵已然如此，民间只有更坏，谈迁在《北游录》中写道：“满人不出疹，自入长安，多出疹而殆，始谓汉人染之也，于是民间以疹闻。”由于东北与关内气候有差，继而导致清兵大面积感染，起初还以为是接触汉人所致。《清史稿》亦载：“满洲兵初入关，畏痘，有染辄死，京师民有痘者，令移居出城，杜传染。”这里的“移居出城”，便是清廷的一道措施，意在隔离病源。

谈迁还说：“以驾在南海子，遂禁人南出。”这里的“南海子”便是顺治在北京的避痘所，也称南苑。顺治八年（1651年），顺治帝就南苑内发出了一道敕谕，称：“近日痘疹甚多，朕避处净地，凡满、蒙、汉人有被冤控告者，此间皆严禁向朕跪告，违者斩。（引《清初内国史院满文档案译编》）”看来是要避开所有人。另据《清世宗实录》：“九年元旦，上避痘南苑，免行庆贺礼”以及“十三年元旦，上避痘南苑，免朝贺”等，都可看出顺治对于痘疫的恐惧。

但若经常缺席朝贺，小则与友邦产生间隙，大则会导致外交危机。所以顺治就给各蒙古王公又发了敕谕，称：“慰谕科尔沁国和硕土谢图亲王等……朕自亲政以来，未得一见，岂朕忘尔等哉，盖因地广事烦，且痘症流行，尔等远来之日、朕复出巡幸，是以相见甚疏忽。”（引《清世祖实录》）可见他常年躲在南海子，以避痘疫。

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