笔者在运用这些资料编辑《陈独秀后期研究资料》(内容包括陈独秀未刊文章、书信、别人写的回忆录及其他各种有关陈独秀的珍贵资料)的同时，写出了《试论陈独秀与托派关系》的论文，1981年《历史研究》第6期以3万多字的篇幅发表了这篇论文，立即引起学术界的重视。

文章以大量无可争辩的原始档案资料，叙述了陈独秀从1929年春到1942年逝世，与托派相结合、争吵、分离的复杂过程，以及在此期间他与共产党的矛盾、反对日本帝国主义侵略和国民党独裁统治的斗争。在革命与反革命的问题上，陈独秀始终没有放弃反帝反封建和反国民党专制统治的立场，并且在他出任托派中央领导人期间，还采取了许多重大的革命行动；抗战爆发后，也作过许多抗日工作。所以不能称其为“取消派”、“反革命”。而他与共产党的矛盾，主要集中在反对党走上农村包围城市的道路，认为革命应该像欧洲那样，共产党是无产阶级的党，不能离开城市、离开工人阶级而到农村去与农民相结合；否则共产党就会农民意识化，革命就会像历史上的农民起义那样没有胜利的希望，这自然是错误的，并且已经被历史所证明，完全是脱离中国实际的教条主义。但这个错误的性质只是革命阵营内部的思想路线分歧。

1989年，按照《试论陈独秀与托派关系》的思路，笔者写的《陈独秀传——从总书记到反对派》，由上海人民出版社公开出版，全面否定了托派时期的陈独秀是“反革命”的传统观点。1993年，上海人民出版社出了《陈独秀著作选》三卷本，收录了以上陈晚年内容更尖锐的书信和文章，并且是公开发行。1995年，时代文艺出版社出版了目前收录最全的《陈独秀诗集》。1989年出版的《中国大百科全书》收录了笔者所写的“陈独秀”条目和1994年出版的《中华民族杰出人物传》丛书(10)收录的笔者所写的《陈独秀传》，都取消了传统观念上的九顶帽子。1994年，《中共党史人物传》出版第51至100辑时，终于把“陈独秀”列为第一篇。