第7栋东西长46.37米，南北跨度为14.50米；第8栋东西长46.33米，南北跨度为14.50米。根据其地下基础结构，推测地上二层的建筑结构应为中心设置走廊，两侧为房间（牢房）。
在第7栋的西北角和第8栋的东北角分别设置有长方形特殊设备间，其墙体具有防水防潮功能；另两栋的北外侧分别设置有分流井。
中心走廊是南北贯穿本部大楼、细菌实验室和病毒实验室的主要通道，长度约260余米（因病毒实验室尚未揭露，无法精确其北所及），宽度2.80米。分为南、中、北三段：南段为本部大楼至“四方楼”；中段即“四方楼”部分，为平顶砖混结构，地上三层，地下一层（即地下通道），将“四方楼”隔离成东部和西部；北段为“四方楼”至病毒实验室。
庭院为对称四个长方形院落，由南北走向的中心走廊和东西横置的特设监狱自然分割而成，乃室外活动场所。部分保留当时地面，以黄土垫压而成，较为坚硬，比室内地面略低。
爆破穴点和焚烧灰坑的发现，是日军毁灭犯罪证据的直接证据；出土了大量完好的灌满溶液的实验用玻璃瓶子标注有毒
本次细菌实验室及特设监狱考古发掘的主要收获及认识，初步归纳如下。
1.揭露完整，数据精确
。在以往的资料介绍和研究中，对“四方楼”的形式与格局、特别是尺寸数据，相当程度上是根据当时人的模糊追忆或研究者的揣测，因此可信度较低。通过本次发掘，一方面对“四方楼”地下基础部分进行了完整揭露，搞清了其整体格局；另一方面采用先进仪器对其进行了实测，全方位地获取了精确数据。
