10月8日，蒋介石自北平直飞上海，宋美龄挡了一切人，连蒋经国都没见成，她独自对夫君反复陈述扬子公司案的利害关系。最终，蒋介石被她说服了。翌日，蒋介石召见蒋经国，开头第一句话就是“和为贵”。半小时后，蒋经国从蒋介石处出来，像一只斗败的公鸡。蒋经国在日记中隐讳了蒋介石干预扬子公司舞弊案，只含混其词地记载说：

清晨拜见父亲，报告上海情况。目前有许多问题尚未解决，但亦不忍报告，盖不愿烦父之心也。

对于扬子公司舞弊案，他一反其公开查处的表白，在日记中写道：

XX公司的案子，弄得满城风雨。在法律上讲，XX公司是站得住的。倘使此案发现在宣布物资总登记以前，那我一定要将其移送特种刑庭。总之，我必秉公处理，问心无愧。但是，四处所造成的空气，确实可怕。凡是不沉着的人，是挡不住的。

当年蒋经国的亲信贾亦斌亲身经历了此事：

贾亦斌找到蒋经国在上海逸村的寓所，开门见山地告诉蒋经国，是专为孔令侃案而来。此案若不办理，岂不真如报纸所说，是“只拍苍蝇，不打老虎”的骗局？这一段，蒋经国被诸多棘手之事缠绕，心绪烦乱，见贾亦斌总揪着这他避之唯恐不及的事不放，认为他一点也不体谅自己苦衷，气得放开沙哑的喉咙喊起来：孔令侃又没有犯法，叫我如何办他？

见这位信誓旦旦“秉公执法”、声称与贪污腐败势不两立、一度那么强硬的人，突然变得这么软弱，甚至无视事实，为大经济罪犯辩护，一种从未有过的失望，一股爱诚怒烈的冲动，驱使贾亦斌一拍桌子站了起来：“孔令侃没犯法谁犯法？……你这话不仅骗不了上海人民，首先连我都骗不过！”

贾亦斌回到寓所，掌灯伏案，给蒋经国写了封14页的长信，但一切为时已晚。