黄巢军队二进长安后，从各地敢来勤王的唐朝藩镇军队开始围攻长安城，当时，长安城内的百姓纷纷奔逃到附近的山谷逃命，黄巢军队坐拥长安空城，粮食日益匮乏，在此情况下，长安城内“谷食腾踊，米斗三十千”，在此情况下，历史中的残酷一幕开始出现：困守空城、连人都抓不到的黄巢军队，甚至与对立面的藩镇军队做起了交易，打着唐朝官军名号的藩镇军队，甚至跑到山谷中捉拿百姓卖给黄巢军，“以肥瘠论价”，然后黄巢军队再把这些普通百姓杀了吃掉、充当“军粮”，自从做了这笔生意，有的藩镇士兵甚至赚了“数十万”钱。

对于《旧唐书》、《新唐书》、《资治通鉴》中记载黄巢军队大肆屠城、吃人的暴行，近些年来，有些读者也提出，这可能是“反动的封建地主阶级文人，对伟大的农民起义军的血口喷人、极尽污蔑”，但其实仔细看史书的记载，就可以发现，《旧唐书》、《新唐书》、《资治通鉴》对于唐朝官军的血腥暴行也同样不吝笔墨揭露，在这一点上，三本史书的撰稿人，进行了平衡和客观，并非只是有的读者想象的简单的污蔑“农民起义军”。

眼看长安已难以坚守，唐僖宗中和三年，黄巢率领军队撤出长安，临行前，黄巢命令放火将长安皇宫、满城屋室纵火焚烧，至此，长安，这座在安史之乱和吐蕃入据时，都没有遭到重大破坏的历史名城，再次经历劫难，黄巢退兵后，唐朝官军又进入长安城“暴掠”，“无异于贼，长安室屋及民所存无几”。一度辉煌显赫、闻名世界的长安城，从此开始进入倒计时的衰败阶段，并在904年被朱温下令彻底拆毁，一代名城，最终沦为废墟。

离开长安城后，仍然拥有十几万人的黄巢军队，势力仍然不可小觑，中和三年五月，黄巢命令手下大将孟楷进攻陈州，但不料孟楷却被陈州刺史赵犨擒杀，一向重爱孟楷的黄巢异常悲痛，于是率领全部军队围攻陈州，并在离陈州城北五里的地方安营扎寨，仿效长安城的宫阙规划，建了一个“八仙营”。