在大抓赌博这个新的支柱产业的同时，李鸿章开始重拳打黑。
李鸿章的打黑行动，也与前任们手法相似，整顿团练、保甲，派兵清乡。而比前任们更进一步的是，他设立了专门的打黑机构——缉捕总局，并在各地开设派出机构，以便就地审判，并分兵五路进行大规模清乡。而且，经清廷批准，他于3月14日得到了“暂复‘就地正法’旧章”，以遏制“广东盗匪日炽”的特殊政策。这意味着，本来要报经清廷的死刑审判权，完全下放给地方，下放到打黑第一线。
拿到了杀人权的李鸿章，究竟为这一次重拳打黑出动了多少兵力，难以统计。但仅在新会、顺德及香山交界一带，负责清乡的连州代理知州李家焯，手下的兵力就有1200名，并有12艘巡船配合，而此时（1900年年底），早已过了李鸿章打黑的高潮，其打黑高潮时的兵力之大，亦可见一斑。
而在这次打黑中，李鸿章究竟“就地正法”了多少人，更是缺乏确切的数字。澳门《知新报》曾报道：“半年以来各属拿获正法不下数百余名”，但报道出笼时（1900年3月1日），李鸿章的打黑才刚刚开始，“就地正法”的权力还没到手，显然，“数百余名”这个数字是偏小的。
分寸
李鸿章的打黑，虽然杀得人头滚滚，却还是谨慎地拿捏着分寸。最大的表现，就是李鸿章打黑是“打人而不打帮”，只抓刑事案件，不碰政治案件。
广东的涉黑政治十分复杂，与朝局紧密相关。
1月24日，李鸿章到达广州仅6天，北京传来消息，正式册立大阿哥，虽然没有明确宣布其接班人的地位，但普天之下都明白了，这是为光绪皇帝选的接班人。
两天后（1月26日），李鸿章曾经的老部下、上海电报局总办经元善，联合马裕藻、叶瀚、章炳麟、蔡元培、吴眺、唐才常、丁惠康、黄炎培等1231人，联名通电，反对册立大阿哥。清廷宣布缉拿经元善，经元善逃到了澳门。而作为两广总督的李鸿章，只能承担起缉拿经元善的脏活。
“己亥建储”为流亡海外的康梁提供了绝好的壮大声势的机会，康有为致电总署，宣称：“废光绪将引起革命。”康有为早已伪造了光绪皇帝的衣带诏，此时再打出“勤王”的口号，在一贯的宣传造势之外，学习革命党的做法，也与黑道联手，预谋刺杀慈禧太后、荣禄等。而广州的李鸿章、刘学询，也被纳入了刺杀的名单。
