李自成的大顺军和明朝是一对天然的敌人，从李自成参加农民起义以来，李自成与明朝斗争了十几年，然而在李自成和明朝双双寿终正寝之后，大顺军的余部和明朝的残余政权南明之间却成了一对盟友。
李自成
李自成在山海关被吴三桂和清朝联军击败后，被迫退出北京城，退守陕西，之后李自成的大顺政权不敌清军的两路夹击，被迫率大顺军南撤。然而，人算不如天算，率领十数万大军的李自成却在湖北九宫山被地主武装杀死，李自成死后这支大顺军辗转进入湖南境内，但是由于群龙无首，而且内部将领之间的地位也发生了变化，原本爵位高的将领率领的部队却不及爵位较低的将领，这就增加了整个队伍的不稳定性。这样的队伍已经不适合与尾随的清军继续作战，所以大顺军的将领们决定联合南明湖广总督何腾蛟共同抗清。
李自成败退路线
经过短暂的纠结之后，何腾蛟选择了与大顺军合作，其实起初他对双方的联合并不热心，曾派出军队打算击败入境的大顺军，不料却被实力尚存的大顺军击败，在武力震慑之下何腾蛟不得不选择与大顺军合作。“过等大喜，遂举军投降，腾蛟以便宜各授总兵官。”这支大顺军被改编，但是何腾蛟却不打算好好利用他们，反而对他们采取了分化的政策。何腾蛟重用原本在大顺军中地位低下、但是现在手中部队人数较多的郝摇旗、王进才，而对于原本在大顺军中地位较高的田见秀、袁宗第、张鼐等人则不予重用，而且还处处刁难，最终田见秀等人离开了何腾蛟去和李过、高一功领导的大顺军西路军汇合了。
何腾蛟
李过和高一功率领的西路军在南撤时与李自成并非一路，他们经过四川来到湖北，汇合了田见秀等人之后他们也决定联合南明抗清，但是这次合作的对象不再是湖南的何腾蛟，而是换成了新任湖广巡抚堵胤锡，堵胤锡非常具有大局观，他摒弃了对农民军的偏见，极力主张联合大顺军抗清。在大顺军首领犹豫不决的时候，堵胤锡亲自“率左右数十骑突入其营，陈说天运、人心、兴废递变，更谕以忠义，为酾酒为誓，声泪痛激，感动群贼。”最后，这支大顺军被改编为“忠贞营”，李过被封侯，其他主将也封伯爵。
堵胤锡
大顺军改编为忠贞营后即在堵胤锡的指挥下参与了恢复湖北的战役，而与之配合的则是湖南何腾蛟率领的原大顺军一部和他手下的军队，然而何腾蛟的部队刚刚北上，听说清军八旗大军赶来之后，立即掉头南逃，而紧随北上的何腾蛟也跟着逃回了湖南。由于失去了何腾蛟所部的牵制，清军得以顺利攻击正在围攻荆州城的忠贞营，结果忠贞营大败，李过等人损失惨重，只能退到三峡地区继续抵抗。
大顺军在李自成去世之后，在民族大义之下选择联明抗清，虽然得到了隆武帝和一些开明大臣的支持，但是更多的大臣却不信任农民军，改编的忠贞营得不到信任和支持，最终这份忠贞也只能被辜负了，而未能起到应有的作用。
1644年，李自成的军队通过居庸关占领了昌平，两天之后开始攻打西直门。当时，城外的守军立刻向李自成的军队投降，而城内的守军则向李自成的军队上空开炮。不过，李自成并没有全力攻城，他暂停了。
