蒋介石的方针，显然不是局限于沈崇一案本身的处理，而是着眼于国统区的安定和国美关系的维护，这是符合南京政府的战略利益和政治需要的。

据此，国民政府行政院于1月4日训令教育部及各地军政机关，负责控御各地学生对北平沈崇事件的抗议行动，电称：“此事为该犯事美兵之私人行为，犯事者自应受法律制裁。至中美两国间之友谊，自不应因此而受损害，任何人亦不应以此种私人行为为借口，而有损侮我友邦或友邦人民之行动。各学校当局及地方行政机关，务各本此旨，负责劝导，遇有可能越轨行为，并应负责阻止为要。除分电各省市政府外，合亟令仰遵照并转饬遵照，此令，院长：宋子文。”次日，各报均登载了此电。1月4日，行政院还电令北平市政府切实防止对美军和美国驻华机构驻地的冲击，“无论集会或游行，均不得在各该区域内举行及通过。仰即饬军警预行防范制止。”

蒋介石花了近一周的时间，直接处理此事，可见此事对蒋所构成的困扰和冲击。据蒋的侍从记载，1月4日，“日来，公以政客枭张，青年幼稚，共党猖獗，致黑白颠倒，是非混淆，纪纲紊乱，社会纷扰，辄思有以使其彻底觉悟与绳纠者，然非一朝一夕之故也。”5日下午，“与夫人游汤山途中，念茫茫国事，来日大艰，不胜薄冰深渊之感也。”“是日，公自记‘上周反省录’曰：……三、美军奸淫女生，以致激起学潮，此所不及防者也。”

国民政府外交部、教育部是参与事件处理的两个主要部门，其大致分工为：外交部负责与美方协调与交涉，教育部负责平息国内学潮。

关于维护对美邦交方面，外交部在1946年12月30、31日连发两电给北平市政府，指出此案“尚待迅速妥善解决，免致事态扩大，影响中美友谊。”要求北平市政府“迅将此案经过委办交涉详情电复为荷。”〔25〕31日，外交部长王世杰又致电北大校长胡适，询问“奸污中国女生案究竟真相如何？有无强奸情形？盼即密示。”当得知胡适拟作为沈崇监护人之一出庭时，又电胡适意图阻止：“报载兄对美兵案准备出庭作证，未知确否？美方刻正羞愤同深，兄之地位或未便如此。”同日及稍后的1月2日、6日，外交部又多次致电该部驻平津特派员公署特派员季泽晋，要求就近与北平市政府及美军当局密取联络，会同办理此案。

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