此后，明军继续南进，虽时有败绩，却仍在推进。反倒是胡朝守将，或是死走逃亡，或是献城投降，溃不成军。直到夏天雨季到来，道路不通，疫病流行，才迫使明军退往咸子关休整，胡军获得了喘息之机。

但这并没有拯救胡朝的国运。胡季犛看到明军后退，以为明军战力下降，下令对咸子关的明军进行水陆两栖总攻，步军分为南北两岸两路，水军分配战船100艘为先锋，水陆两军共计七万（号称二十一万）。

明军应战，分水陆两军防御，结果安南步兵倒戈，水军逃窜，战船大多沉没，淹死士卒无数，主力一战全灭。值得一提的是，当时的胡军前线其实已经探清明军有埋伏，然而胡季犛求胜心切，屡次催促进军，导致最终战败。

胡氏父子逃回清化，明军继续向清化进军，更加势如破竹，最终将胡氏父子及其主要大臣全部俘虏，并送至应天（南京）。由此持续仅约半年的明虞战争宣告结束。

在这期间，占城一方也发动兵力随之策应，由南侧进攻安南，夺回了被侵占之地，并将俘虏的将领献给明朝。

收复了，但也没保持多久。

在明虞战争期间，明军消灭了安南军队主力之后，下令寻找陈朝宗室的后裔，却终究不是真心。其后，大明以陈朝宗室被杀尽为名，在安南设置交趾（交阯/交址）都布按三司，对安南地区进行直接统治。这是红河流域地区在五代十国独立之后时隔400多年再一次重回中原王朝直接管辖。

但是这一次，形势已不同于五代十国之前。安南地区长达400多年的独立，已经使其产生出一定程度的民族意识觉醒，明朝在安南的经营仅仅维持了20多年，便宣告破产。