“大海航行靠舵手”，对于一艘军舰来说，舰长起到十分重要的作用。沈葆桢经过慎重考虑，任用左宗棠留下的浙江宁波人贝锦泉为管带（舰长）。贝锦泉早在1854年就驾驶过宁波商帮购买的宝顺号蒸汽炮舰，成为第一个驾驶蒸汽炮舰的中国人，具有丰富的经验。

贝锦泉有两个胞弟，贝珊泉、贝国泉，都成长为清朝海军的军官。贝珊泉成为南洋水师超武号炮舰管带，贝国泉则成为浙江水师元凯号炮舰副管带。

万年清在贝锦泉的率领下，顺利通过了试航，于1869年10月北上，接受朝廷的检阅。10月25日，随着一声悠长的汽笛，万年清缓缓驶入天津大沽口港口。从鸦片战争以来，大沽口多次被西方列强的舰队占据。这次，中国人制造的炮舰第一次进入大沽口港口，引起了一场不小的轰动，围观者云集，啧啧称奇。

从1870年开始，万年清被列入福建船政水师。在最初的几年，中国没有发生大规模外战，万年清只是承担进剿海盗、维持海面秩序等任务。在海盗那些小破船面前，万年清犹如庞然大物，呈压倒性优势。

1874年，日军入侵台湾。福建船政大臣沈葆桢奉命以钦差大臣的身份率部到台湾筹办海防。万年清与福建船政水师的其余军舰一起，往返于海峡两岸。万年清主要承担运输职责。它那宽大的货仓总算派上了用场。

日军入侵台湾事件以谈判结束。接下来的几年，万年清作为福建船政水师的一员，在台湾、澎湖等地执行巡航任务。

随着时间的流逝和军舰设计理念的进步，万年清变得有些“落伍”了。1881年，福建船政大臣黎兆棠决定对万年清进行改装。改装完成后，万年清继续在台湾执行巡航任务。

1883年，中法战争爆发。第二年，战争蔓延到中国东南沿海。1884年7月3日，法军舰队炮轰马尾海港，导致福建水师几乎全军覆没。当时，万年清由于在台湾承担防务，幸运地躲过了一劫。

1887年1月18日，万年清带着台湾巡抚刘铭传的公文、军饷，停泊在上海吴淞口外的江面准备进入黄浦江时，一艘英国尼泊尔轮船受浓雾影响，意外撞上了万年清，导致后者在15分钟后沉没。由于沉没速度太快，船上295人中只有181人获救，其余114人不幸身亡。此后，万年清长眠于吴淞口外。

万年清沉没两个月后的3月21日，大英按察使司衙门作出宣判，由英国尼泊尔轮船承担全部责任，赔偿万年清的所有损失。