李敖对钱穆产生偏见始于1959年9月，蒋介石寻求第三次连任“总统”，对此“违宪”之举，胡适坚决反对，在蒋的压力下，胡虽然妥协，却始终在抵抗，改称：“今天大会开幕以后，曾有一位记者在车门前问我是否说过反对蒋先生连任的话，我承认两年前曾经说过，最近我并没有谈到这个问题，因为我重视的一件事是坚决反对修改宪法。”

可钱穆的反应却让李敖等人失望，蒋当面问钱穆：听说你反对我连任？并到书架上找钱穆相关的书，钱穆忙说：那是我1950年初到香港时写的东西，并不是为选举总统的事而发。“今已时移境易，情况大不同。此待‘总统’英明，内定于一心，断非他人所能参与其意见。”

钱穆不仅支持蒋连任，还将蒋与孙中山并列，说“此诚古今中外每一国家民族所希遘难遇之奇迹也”。

因反对蒋连任，雷震等人最终入狱，钱穆却顺水推舟，这或者也是为了新亚书院能维持下去，不得不如此。钱穆曾说：蒋介石以国士待我，我自当以国士报之。为了和钱穆见面，蒋介石甚至改穿长袍。

死也没能回到素书楼

1967年，在蒋介石屡次邀请下，钱穆到台湾定居，蒋介石专门拨款为钱穆修建了一所别墅，即“素书楼”，这被认为是钱穆一生的污点，因“用公帑建宾馆，双方都公私不清”，人们嘲笑钱穆讲了一辈子“义利之辨”，自己却利字当头。其实蒋介石也邀请了张大千等文化名人到台定居，为他们都建了别墅，钱穆并非个案。

1975年，钱穆得知蒋介石去世的消息时，“内心震悼，不知所措。日常阅览写作，无可持续，唯坐电视机前，看各方吊祭情况，稍遣哀思。”

1989年，台北市清查“政府财产不当占用”，认定素书楼也在其中，加上各派斗争，1990年6月，钱穆夫妇主动迁出居住了20余年的素书楼，3个月后，钱穆便去世了，终年95岁。