苟晞逃到高平，又收残兵数千，才算安定下来。

就在此时，晋怀帝又连下数诏，催促苟晞征讨司马越，反正晋室的这群司马，内斗的劲头是最大的，哪怕是军情如此之紧迫之时，天崩地裂的永嘉之乱，也真是这群“司马”咎由自取。

司马越一直怀疑晋怀帝和苟晞有勾结，就在青州往洛阳的道路上派了不少游骑，果然截获了晋怀帝与苟晞的来往密信。

司马越大怒，发檄文声讨苟晞，同时派杨瑁、裴盾等人讨伐。但这几个烂番茄臭鸟蛋如何是名将苟晞的对手，被苟晞打的大败。

苟晞同时派出骑兵，夜袭河南尹潘滔，想杀他一解心头之恨。但潘滔还是有点本事的，趁夜色竟在阿苟的骑兵中全身而退，成功逃脱。而司马越的另几个部下如刘曾、程延等却没有这么幸运，被苟晞手下捉住。苟晞也没有手软，杀之了事。

巧合的是，司马越在此内忧外患之时，在征讨石勒途中忧惧而亡，大喜过望的晋怀帝下诏加封苟晞为大将军大都督、督青徐兖豫荆扬六州诸军事。

虽然在内斗中取得了胜利，但此时已天下糜烂，时局无可收拾，后汉军各部已迫近洛阳，苟晞上表请晋怀帝迁都离开洛阳来自己的青州，他派部下刘会带船数十艘、兵士五百人、粮千斛到洛阳接晋怀帝，却因朝臣争论不休而不能成行。

没多长时间，洛阳就沦陷于匈奴后汉军了。因时事急迫，苟晞与王赞带兵出屯仓垣，意图接应到晋怀帝。

但晋怀帝却没有跑出洛阳，而是落入匈奴人之手，晋朝皇室只跑出豫章王司马端，苟晞于是尊司马端为皇太子，司马端加封苟晞为太子太傅、都督中外诸军事。

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