可是，郑州可不是这么容易打的，这里城墙高，兵马强。王仙芝和黄巢围攻了几个月都没有打下来郑州，这时候一个比较要命的问题来了，那就是粮食问题。此时，这支农民军的本性开始显现出来，在郑州以东的诸多州县，都非常害怕起义军，因为打不破郑州，王仙芝和黄巢的手下开始纵兵抢掠。
从此，这支起义军也干起了杀人、防火的勾当，他们有多残忍呢?
这两个州县的百姓，基本上被屠戮殆尽，而这样的杀戮并不是个案，在日后，这场战争中，所谓的起义军已经变成了屠戮无辜百姓的巨大杀人工具。在久攻不克郑州的情况下，王仙芝和黄巢开始转变战略，把战线南移，接连进攻申、光、庐、寿、舒恶x、通州等地，逼近扬州，淮南节度使多次向朝廷告急。
唐朝面对巨大的压力，开始使出了杀手锏，招安。
王仙芝动心了，朝廷能给自己官做，实在是不白大闹了一场。黄巢本来也想接受招安，因为，怎么说自己的目的达到了，当年考上了科举也就不过如此。可是当黄巢看到了那份封官的名单时，勃然大怒，恨得牙根痒痒，因为那上面只有王仙芝的名字，却没有自己的。他恨得不是别的，原来朝廷只知道有个王仙芝，却不知道，我黄巢也是号人物。
黄巢开始质问王仙芝：“君降，独得官，五千众且奈何?丐我兵，无留。”然后，黄巢举起了拳头重重地打在了王仙芝的脸上。本来可以平息的战争在黄巢的一句话和这一拳下，没能成功。王仙芝害怕犯了众怒，所以没敢接受朝廷的官职。
此时的黄巢认清了一个道理，再也不能跟着王仙芝混了，当小弟没有啥前途。所以此时黄巢拉出了自己的嫡系部队，自己开始单独跟朝廷做对了。当然黄巢和王仙芝的合作还是比较亲密的，两个人分分合合打了很多仗。但是，王仙芝的心又动摇了，因为朝廷又对他抛来了橄榄枝，王仙芝身边这次可没有了麻烦的黄巢，所以非常欣然接受了官职。
可是这次朝廷可没这么宽容，招安是假的，是障眼法，趁着王仙芝放松警惕之际，官军偷袭了王仙芝，王仙芝知道上当了大怒，遂进兵荆南，不久在黄梅兵败战死，手下五万余人被斩首。王仙芝手下的残余势力大部分归于了黄巢。从此，黄巢总算有了出头之日，走进了历史的中心舞台，属于他的时代开始了。
纵观史书，从《旧唐书》、《新唐书》再到后来的《资治通鉴》，没有一本书说过黄巢一句好话，因为这个人确实没有好的地方。在人品上，他从不坚定，时不时的就像唐朝乞降，几乎一年一次，而当唐朝为他开出不错的价码后，他又公然反悔。
在他的心里，有王仙芝的例子在前，所以他不敢放下手中的武器。他只能通过乞降的方式来为他的下一步赢取充裕的准备时间。黄巢已经洞悉了当时的形势，北方虽然遭遇旱灾，但是北方人素来民风彪悍，士兵也颇为勇敢。所以在河南一带活动，并不会有多大的益处，所以他把目标定在了南方。
说干就干，黄巢率军南下与王仙芝旧部王重隐会和，接连攻下了虔、吉、饶、信等州。八月，黄巢军进攻宣州，在南陵为官军所败，于是又进入浙东，经婺州至衢州(浙江)，然后披荆斩棘，开山路七百里，攻入福建。
福建的大城市福州危在旦夕，此时，黄巢军中，流传了一个口号：遇到儒者则杀，军队必然要覆灭。乾符六年(公元879年)三月，福州观察使韦岫战不胜，弃城而逃。黄巢军队，冲进了福州，这支军队再也不是我们教科书里那支为了自己的生存而抗争的军队了，他们变成了一支野兽军团。见人就杀，见房子就烧，情景可怖之极。
他们唯一放过的是崇文馆校书郎黄璞家，因为这些人虽然好杀，但却比较迷信，他们害怕杀了大儒，会遭到灭顶之灾的报应。黄巢占领福州后，又开始向动运动，包围了广州。
在此期间，黄巢曾致书浙东观察使崔璆、岭南东道节度使李迢，要求朝廷封自己为天平节度使。二人惧怕黄巢威势，极力申奏，但朝廷不许，黄巢不甘心又自己上书，求为广州节度使，朝廷这次只授予了他府率的官职。
黄巢一辈子最恨别人看不起自己，老子要说都是当皇上的料，找你要个节度使都不行，好吧，那我就把广州攻下来给你们看看。同年九月，广州失守。因为唐朝，并不像后来明清那样的闭关锁国，所以像广州这样濒临南海的港口城市，有着非常多的跨国商人和外国传教士。黄巢攻陷广州后，发现这是一个不同于中原的世界，这里再也不是什么蛮荒之地，这里充满了富庶，且有着外夷文化的冲击，各种宗教更是在这个城市中，交横错杂。
黄巢连番血战，粮草早已殆尽。所以，又一番新的抢掠开始了，黄巢军见人就杀，看到值钱的就抢来，不值钱的便一把火烧掉。而各国在广州的教会，也没有幸免。回教、基督教、犹太教皆被黄巢视为邪教，黄巢命令将成千上万的教徒统统杀死，也就说在广州城内，除非你信奉儒学，有其他信仰的人一律。，无论国籍。
当黄巢的军队到达了广州的港口后，黄巢傻眼了，因为大批的外国商船停靠于此，船上的货物不计其数。还有很多是唐朝要出使外国的商船，这些船上也装着中国最好的特产。黄巢立即下令，把这些商船上的货物全部收缴充当军费。可以说黄巢是大大发了一笔横财，可是码头的水手和各国的商人们却遭了殃。黄巢无论他们反抗与否，下令全部杀死。
一时间，广州码头的尸体堆积如山，海水都被染成了红色。据某些学者推测，广州屠城，保守估计十二万人被杀，其中包括回教徒、基督教徒、犹太人及平民。这件事情造成了极坏的国际影响，唐僖宗闻听大怒，一向自由、开放、和平的唐王朝形象遭到了极大的破坏。唐僖宗此时恨透了黄巢，从太宗皇帝到现在，唐朝威仪一直广播世界，但是这时却发生了这样的事情。唐僖宗已经下定决心，一定要干掉黄巢这个败类。
黄巢率军离开广州，向西北进发，攻取了桂州(今广西桂林)，恰遇湘江水暴涨，黄巢军便乘数十只大木筏顺流而下，经永州(今湖南零陵)、衡州(今湖南衡阳)，攻占了潭州(今湖南长沙)。之后，又转而进攻饶、信、池、宣、歙、杭等十五州。这时黄巢军又得以发展黄巢军此时的人数已经达到了二十万人。
唐僖宗此时派出了淮南节度使高骈，来打击黄巢。广明元年(公元880年)三月，高骈遣其猛将张璘渡江南下。不可一世的黄巢终于遇到了可与之抗衡的宿敌，黄巢且战且败，退守饶州(治今江西波阳)。张璘又乘胜进军，黄巢无奈退守信州(今江西上饶)。
此时，各地节度使的援军已经赶到，眼看着黄巢的军队就会土崩瓦解，彻底烟消云散。可是此时黄巢又使出了无耻的伎俩，第一是贿赂，第二是“投降”。贿赂当然是真的，但是投降是假的。张璘和高骈减慢了进攻的速度，缓了缓节奏。这给了黄巢一个难得的喘息机会，黄巢利用这个空隙迅速北渡淮河。然后偷袭张璘部，张璘战死。
