荷兰在台湾岛上的第一座学校，是由传教士祐纽斯在新港设立，建于明朝崇祯七年五月(1635年)，而这里正是荷兰人最早征服的地方，之后随着荷兰人扩张范围的扩大，他们每征服一处，都会在当地设立学校，至明朝崇祯十一年（1638年）的时候，已经陆续在麻豆社，北港等地，开设了大小十一所学校，而且他们的教育成果也很显著，明朝崇祯十五年（1643年）的时候，在台湾的荷兰学校，学生的总数只有三百多人，仅仅过了七年，人数就增加到了1200多人，之所以这么显著，主要还是荷兰人的强迫政策，比如对高山族部落，他们规定凡是七岁以下儿童，必须要入学接受教育，凡是拒绝接受教育的，就要遭到罚款甚至劳役，尤危险的是，正是从崇祯十一年（1638年）开始，荷兰人陆续在台湾岛上推广荷兰语，凡是七岁以下的儿童，都必须从小学习荷兰语。按照另一个传教士范德烈的记录，当时的荷兰人，在台湾岛上的奴化教育已经取得了成果，在1659年的台湾新港地区，已经有许多人，特别是二十岁左右的年轻人，每天穿荷兰衣服，甚至取了荷兰名字。也同样是1659年，荷兰人开始广泛在台湾岛上推广荷兰文写作，尤其是根据是年荷兰台湾总督写给东印度公司的报告称，荷兰当局对台湾岛上的高山族部落进行过全面调查，皈依基督教的人口，占总人口的百分之六十，而尤其是最早征服的新港社地区，人口竟然高达百分之八十五。虽然台湾岛上的汉族，因为其传统文化的影响，很难立刻开展奴化教育，但是按照荷兰台湾总督在公文里说的原话讲：“那是不久的将来就可以做的工作了。”

对于台湾的归属来说，这其实才是最危险的事情，如果在这个小岛上，荷兰人成功完成他们的奴化教育，那么他们占据台湾的事实，也将彻底的板上钉钉。和中国大陆的血缘纽带，更会遭到彻底的剪断。这段时期里，明清双方忙活着改朝换代的战争，谁也没有力量顾忌台湾，在台的各族同胞遭到血腥的杀戮和压榨，台湾的归属命运，似乎正向着荷兰人期待的方向滑行着。