好在李鸿章是丁汝昌的上司，谅解丁汝昌的难处，顶住很大的压力李鸿章递交了一份《复奏海军统将折》，为丁汝昌辩护。光绪皇帝给了李鸿章面子，再次发布上谕：“丁汝昌暂免处分。”这就是说，丁汝昌虽然还能以北洋水师提督的身份指挥舰队作战，但已经是戴罪之身，随时有可能革职论处。

光绪皇帝始终对丁汝昌不放心。日军攻陷旅顺后，光绪皇帝下令革去丁汝昌的尚书头衔，摘去顶戴，革职留任。北洋水师退守威海卫港后，丁汝昌为防止日军利用陆上炮台轰炸港口内的北洋水师，建议做好炸毁陆上炮台的准备，被威海卫北帮炮台守将戴宗骞误会“通敌误国”，光绪皇帝下令将丁汝昌交刑部治罪。在李鸿章、马格禄的极力争辩下，光绪皇帝才允许等丁汝昌办完手里的事情后，再解送刑部。

然而，丁汝昌哪怕有天大的本事，也无法阻挡北洋水师的覆灭。北洋水师在黄海海战、威海卫之战中相继失利。特别是在威海卫之战时，日军占领了威海卫南帮炮台、北帮炮台，调转炮口攻打停泊在威海卫港口内的北洋水师舰船，上演悲壮的一幕。丁汝昌担心的事情终于发生了。

在北洋水师即将全军覆没之际，日本联合舰队司令伊东佑亨致信丁汝昌，劝他投降。丁汝昌将信件转交给李鸿章，并复信拒绝了伊东佑亨的劝降。1895年2月12日，丁汝昌将北洋海军提督印截角作废，服食鸦片自杀，以身报国，终年59岁。

丁汝昌之死，举国哀悼。日本联合舰队司令伊东佑亨感怀于丁汝昌的牺牲精神，批准将丁汝昌的遗体送回中国。于是，2月17日，北洋水师的练习舰康济号炮艇载着丁汝昌、刘步蟾、戴宗骞、杨用霖、张文宣5人的遗体，在潇潇细雨中离开威海卫港，凄然驶向烟台。

在甲午战争中有许多清朝将领阵亡，他们几乎都得到了朝廷的优恤。只有丁汝昌没有得到任何优恤。光绪皇帝在谕旨中说：“已革海军提督丁汝昌，总统海军始终偾事，前经降旨拿问，获咎甚重，虽此次战败死绥，仍著毋庸议恤。”

有的文章说，光绪皇帝曾经将丁汝昌籍没家产，而且不准下葬，这就纯属虚构了。事实上，康济号炮艇载着丁汝昌遗体到了上海，交给了他的家人，运回家乡安徽老家。由于暂时没有找到适当葬地，就按照当地的风俗进行暂厝（暂不下葬），几年后安葬于安徽无为小鸡山梅花地。

另外，丁汝昌棺椁上有3道铜箍，也是当地的葬俗，而非光绪皇帝的处罚。