然而，1941年6月爆发的苏德战争及德军在初期的得手中断了这一进程。当德军长驱直入、顺利抵达斯大林格勒城下，苏联岌岌可危的时候，盛世才翻脸了，他毫不客气地终止了与苏联的一切合作。1942年10月5日，盛世才向苏联驻迪化（今乌鲁木齐）总领事递交了一份致苏联政府的备忘录，勒令除外交人员之外的苏联各种力量于3个月内一概退出新疆。

盛世才在这样一个特殊时机反苏，正中国民政府的下怀。蒋介石对苏联势力在新疆扩张并通过盛世才联共而有与中共陕甘宁边区连为一气之势一直十分担忧，正在寻找机会以改变这种状况。与盛世才的投机转向、翻云覆雨不同的是，国民政府争取盛世才脱苏内向，乘机将国民党中央的势力开进新疆，具有防止新疆主权丧失、维护国家统一的含义，是一个主权国家中央政府的一种正常反应。

借口刺杀案驱逐苏联势力

新疆局势发生变化，国民政府一方面利用此难得机会，积极收复新疆的行政权，加强中央政府对新疆的控制，力争有关新疆的外交事务纳入正常的中苏国家关系的轨道；另一方面，在主观上，也希望能尽量谨慎地处理对苏关系，使中苏关系不因此而恶化，不开罪苏联。但由于新疆问题由来已久，国民政府在这个特殊的时期着力解决此事，此之进即为彼之退，对苏联的刺激客观上实难避免。

实际上，自苏德战争以来，中苏关系本已频现不稳状态，小的问题不断，据《王世杰日记》记载，1942年5月，伪满与“伪外蒙古共和国”宣布批准划定边界文件，“此种举措显示苏联缓和日本政策之继续”。蒋介石嘱王世杰、王宠惠等“考虑如何应付”。

6月1日，在国防最高委员会会议上，孙科“力言我政府方面人员，断不可对英国或苏联表示不信任或讥评。到会者类有同感。”“同感”之谓，反映出因苏联战事失利及中苏间出现裂痕以来，一些官方人员的对苏言论已颇不逊。而在事实上，“近日我政府与英苏间之感情均不甚融洽……苏联迄未允供给我以汽油，对我政府自波斯湾假道苏联，运美国物资来华之提议，亦始终未允。近日似尚有苏联飞机秘密运物至延安接济中国共产党之事。我政府并已在兰州扣留一苏联之飞机（以未经得我方允许径自入境之故）。凡此种种，均为有害之暗潮”。