在那之前的万历四十四年，即公元1616年，是满清的“天命”元年。同一年，大明的礼部官员们却在上疏，请求查办外国传教士，而徐光启的许多著作都是在传教士的帮助下完成的，为此，徐光启上疏为传教士辩护，并被获准复职。

但对于徐光启的上疏，万历皇帝只是回复“知道了”，这种和稀泥式的做法，并不能解决问题，不久徐光启再次辞归。

三年之后，萨尔浒战败，徐光启上疏请求练兵，并提出为部队配备先进的火器，但因军费问题，这个建议迟迟没有下文。后来，徐光启自掏腰包从澳门购买了大炮，却又被告发私办军火。

女真人来争夺“天命”了，大明却还在内讧。

天启年间，辽东防务吃紧，一直追随徐光启的学生孙元化受到朝廷重用，兵部尚书孙承宗用他筑台制炮，协助袁崇焕守宁远城。此时，徐光启的红衣大炮才被派上用场，并于天启六年在宁远大捷中击中了努尔哈赤，致使后者身受重伤，七个月后不治而亡。

但是，后来因为阉党作乱，袁崇焕和孙元化先后被罢官，心灰意冷的徐光启也跟着退隐，将主要精力都放在了修订《农政全书》上。

到崇祯即位，阉党除，徐光启回京复职。但此后，东林党派兴起，大明仍是内斗不断，崇祯五年，爱徒孙元化在一场冤案中被杀，徐光启有心相救，却无力回天。次年，他也在忧愤中去世。

至此，西方军事派彻底淡出大明军队，军中再无善于制造、使用西洋炮火的专家。这不仅直接导致了大明军队的节节败退，更使后来的满清小觑了西洋火器的威力，导致整个有清一朝火器发展缓慢，为清末的军事落后埋下了伏笔。

纵观徐光启的一生，其实是充满悲情的，他年过不惑才中进士，半生官场起起落落，很多主张都没能实施；他推广番薯、水稻，养活了很多人，翻译《几何原本》为我国数学打下基础，却没人重视；他晚年呕心沥血编纂的《农政全书》和《崇祯历书》，自己却都没能看到其面市刊印；他研习西洋火器，希望能造炮保国，而曾被他寄予厚望的炮兵部队，后来却成为满清攻克大明的利器；他后来位至次辅，却保不住爱徒的性命。