在治理清流方面，慈禧也是很有手段。中法战争期间，清流派代表人物张佩纶高论战事，对洋务派的军事外交政策不屑一顾。慈禧乃顺势任命张佩纶为"会办福建海疆事宜"大臣，张的遭遇可想而知，最终临阵逃跑，而福建水师全军覆没。后来论者认为张"以书生典兵，甲申马江之败，身名俱裂矣"。最近又有论者认为朝廷让张会办福建海疆事宜，"其实是对张佩纶实行的保护措施。只是他自己不争气，毫无价值地葬送了福建舰队，民愤极大。清政府给以惩处，这是张佩纶咎由自取，并非什么慈禧太后'瓦解清流'的阴谋"。即便不是阴谋，但是也见慈禧用人方面的不拘一格和平衡技巧。

至于义和团事，一般认为慈禧顽固地对八国的宣战是其仇外的例证。此事的关键，在于她是否真的是控制局面的幕后策划者。

综合学者们的考证及多种记载，有四股力量影响甚至控制了慈禧：一是义和团本身，他们把慈禧吓得半死。她说："我做梦也没想到这场拳乱会给中国造成这样严重的后果。"

第二种力量是端王等皇族贵胄。他们才是唆使并胁迫慈禧的幕后人物。端王对太后最有力的论点，就是威胁：如果义和团得不到完全的支持，他们就会推翻皇座。他们以为与外国开战会增强他的权力，而端王借此要使儿子入承帝位。所以他们怂恿慈禧太后相信义和团的法术确能避枪弹。慈禧不得已保留光绪皇帝称号，立端王载漪子溥儁为大阿哥皇储，为此导致外国和国内大臣的双重反对。而端王又伪造了驻北京的列强外交团一份联合照会，要求将国政大权交还光绪皇帝，从而刺激慈禧对抗列强。就连慈禧的亲信荣禄在这时都不得不屈从于端王等人的势力。

第三种力量是要借这个事件削弱王公力量的大臣，比如李鸿章。外国学者认为："真正的幕后操纵者却是李鸿章，他在整个事件中所扮演的角色以前从未得到足够得认识。正是李鸿章，通过不断向西方报纸散布关于中国人的骇人暴行的虚假消息，狡猾地剌激外国列强武力干涉中国，这是他为了削弱铁帽子们的基础、恢复自己失去的威望的持续努力的一个部分。"